חלק מהמסלול הישראלי עובר בצבא וכולל שירות צבאי והכנה לצבא. האם קרוהן וקוליטיס מחיבות פטור ואיך מתמודדים עם התקופה?
התקופה לקראת הגיוס והשירות עצמו הינם שלבים חשובים בהתפתחות האישית והחברתית של הצעירים בארצנו. בנקודת הזמן בה כל החברים מבית הספר מתגייסים ומשתלבים בתפקידים שונים בצבא עלול המטופל להיוותר "מחוץ למשחק", ולהרגיש כי הוא נותר מאחור בעד שאר חבריו התקדמו הלאה.
ההחלטה האם להתגייס או ההשפעה של תקופה מושכת מחוץ לבית, היא החלטה לא קלה. בנושא זה חשוב להכיר מספר נקודות עקרוניות. לא כל מחלה הפוגעת במערכת העיכול פירושה שבהכרח לא ניתן לשרת בצבא. החלטות אלו מתקבלות בצבא על סמך נהליו הפנימיים והגדרות חיל הרפואה. יחד עם זאת, ליווי צוות המכון יכול לסייע בהגדרת המחלה והמגבלות, ולנסות לסייע בתיאום שירות בהתנדבות במקרים בהם נמנע הצבא מלגייס.
חולים במחלק קרוהן וקוליטיס מקבלים בצו ראשון או בצו השני פטור מגיוס לצה"ל ופרופיל 21, לעיתים ניתן להם פרופיל 24 "בלתי כשיר זמנית לשירות". שירות התנדבותי הוא ששל שנה וחצי ובמקביל להתנדבות החייל ממשך לקבל טיפול בקופת חולים אליה הוא שייך ולא בצבא.