בשנת 2011 הוקם במרכז הרפואי שערי צדק מרכז למצוינות בתחום הגסטרואנטרולוגיה ומחלות הכבד.
ההחלטה להקים מרכז מצוינות תורגמה להקמת מבנה חדש למכון הגסטרו, הצטיידות במכשור חדיש ביותר וחשוב מכולם – הקמת צוות רופאים מוביל, בעל ניסיון רב במחלות דרכי העיכול.
המערך החדש שהוקם בשערי צדק מוגדר כמערך גסטרו-כירורגי, וזאת כביטוי לשיתוף הפעולה ההדוק הקיים במרכזנו בין הגסטרואנטרולוגים והכירורגים.
המרכז למחלות מעי דלקתיות במסגרת המערך הגסטרו-כירורגי בשערי צדק הפך במהרה למרכז ארצי מוביל בתחומו, עם מטופלים רבים מאזור ירושלים ומכל רחבי הארץ. המרכז מאמין בטיפול רב תחומי לכל מטופל, הכולל לפי הצורך רופאים ייעודיים לטיפול במחלות מעי דלקתיות (קרוהן וקוליטיס), דיאטנית, פסיכולוגית קלינית ואחות מתאמת הזמינה למטופלים בטלפון ישיר.
במכון האנדוסקופי החדיש נבדקים מדי שנה כ- 15,000 מטופלים מירושלים ומכל רחבי הארץ. מלבד האנדוסקופיות השגרתיות של מערכת העיכול מתבצעות בשערי צדק פעולות אנדוסקופיות מורכבות ביותר הכוללות הוצאת אבנים מדרכי מרה , הסרת גידולים ופוליפים ממערכת העיכול וכירורגיה אנדוסקופית.
בנוסף, הוקמה יחידה למחלות תפקודיות ולרצפת אגן, יחידת כבד, מרכז לגילוי מוקדם של מחלת הסרטן, מרפאה ייחודית למחלות מעי דלקתיות בהריון ועוד.
מלבד מצוינות קלינית, מערך הגסטרו מחויב גם למצוינות אקדמית ומחקרית. כמרכז המסונף בית הספר לרפואה באוניברסיטה העברית ממלאים רופאי המחלקה תפקידים אקדמיים, ועבודות מחקר
המתבצעות במחלקה הוצגו בכנסים בינלאומיים. מאז הקמת המרכז מתקיים מדי שנה כנס גסטרו ארצי בנושא מחלות מעי דלקתיות הנערך במרכז הרפואי שערי צדק עצמו, עם מרצים
אורחים מובילים בתחומם, מהארץ ומחו"ל.
כמרכז גסטרו מוביל ככלל ולמחלות מעי דלקתיות (קרוהן וקוליטיס) בפרט, הפך המערך הגסטרו כירורגי לאתר מוביל למחקרים רפואיים, וכיום נערכים בו ניסוייים רפואיים רבים בתחום תרופות מחקר ומכשירים רפואיים.
מעבדת המחקר של המערך הגסטרו כירורגי, נוטלת חלק במחקרים קליניים ובמחקרים ברמת מדעי היסוד, ומשתפת פעולה עם חוקרים מובילים נוספים מהאוניברסיטה העברית.